Ruprecht Eser wurde am 6. Januar 1943 in Lutherstadt Wittenberg geboren.
Seine Kindheit verbrachte er in Leipzig, noch vor dem Bau der Berliner Mauer 1961 flüchtete er mit seiner Familie nach West-Berlin. Ein Jahr später begann er sein Studium an der Freien Universität Berlin. Dort studierte Eser fünf Jahre lang von 1962 bis 1967 Publizistik, Politologie und Soziologie. Während seines Studiums sammelte er erste praktische Erfahrungen. Er arbeitete für das Berliner Büro der BBC. Nach seinem Studienabschluss zog er schliesslich nach London, wo er für die German-Service Abteilung der BBC tätig war.
Drei Jahre nach Studienabschluss begann Ruprecht Eser 1970 seine Karriere beim ZDF. Als Leiter der Redaktion für Reportagen/Dokumentationen war er für verschiedene Dokumentationen, Sonder- und Wahlsendungen (u.a. Bundestagswahl 1980) verantwortlich und erhielt dabei unter anderem den Goldenen Gong sowie die goldene Kamera für seine Arbeit verliehen.
Eser moderierte von 1985 bis 1992 die Nachrichtensendung „heute-journal“. Ab 1988 leitete er diese Sendung ebenfalls.
Am 1. März 1992 wechselte er zu der privaten Gesellschaft Westschienenkanal GmbH & Co. KG (späteres VOX) als Programmdirektor. Im April 1993 verließ er den Sender wieder und kehrte im Oktober zum ZDF zurück. Dort moderierte Eser die Sendung „Halb 12”. Darüber hinaus wurde er 1995 für zwei Jahre Chefreporter des ZDF.
2004 trat er seine Rückkehr nach London an. Dort leitete er bis August 2008 das ZDF-Studio in London.
Heute widmet sich Ruprecht Eser der Ausbildung junger Journalisten und Medienschaffender. So lehrt er unter anderem an der Europäischen Medien- und Businessakademie, am Institut für Publizistik- und Kommunikationswissenschaft der FU Berlin und an der Hochschule der Medien in Stuttgart. 2013 wurde er von der Universität Leipzig zum Honorarprofessor für Fernsehjournalismus ernannt.